ANALISIS BIOINFORMATIKA DALAM PEMBUATAN GEN SINTETIK CANDIDA ANTARCTICA LIPASE B (CALBSYN) DARI KHAMIR PSYCHROPHILIC CANDIDA ANTARCTICA

Eksplorasi enzim merupakan hal yang penting untuk menunjang perkembangan teknologi bio yang ramah lingkungan. Untuk mempermudah dalam eksplorasi mikroba, bisa dilakukan secara sintetik dengan metoda kajian bioinformatika. Candida antarctica lipase B (CALB) merupakan salah satu jenis enzim lipase yang berasal dari mikroorganisme dan telah banyak diaplikasikan sebagai biokatalis dalam beberapa bidang industri. Adapun metode yang dilakukan dalam penelitian ini adalah analisis struktur gen calb melalui NCBI, analisis sekuen protein calb melalui expasy, analisis struktur 3D protein menggunakan swiss Model, analisis desain primer menggunakan primer3 dan analisis situs restriksi menggunakan snapgene. Pembuatan gen sintetik CalB diperoleh berdasarkan hasil pencarian sekuen gen CalB yang ada di geneBank melalui NCBI dengan nomor akses Z30645.1. Gen CalB wildtype kemudian dimodifikasi dengan menambahkan beberapa situs potong (XhoI, XbaI, ClaI, dan BglI), 6 Histag, dan 2x stop sehingga menghasilkan ukuran 1083 pasang basa. Protein CALB mempunyai 342 asam amino. Berdasarkan struktur 3D, protein CALB mempunyai tiga molekul identik berikatan satu sama lain dengan membentuk sebuah cincin homotrimer yang akan melingkari DNA double helix. Adapun primer yang digunakan untuk amplifikasi gen calB yaitu primer forward 5�-TCCCCAGTATCAGGTCCAAG-3� dan primer reverse 5�- GACACCTGAGGCTGAACGAT-3�.

1.  UEU-Research-12940-16_0291.pdf - 928 KB